महाविकास आघाडी सरकारच्या काळामध्ये ठाकरे सरकारने सीबीआयबाबत घेतलेला निर्णय शिंदे सरकारने कायम ठेवला आहे. त्यामुळे यापुढे केंद्रीय अन्वेषण विभागाला महाराष्ट्रातील प्रकरणांचा तपास करण्यासाठी शिंदे सरकारची परवानगी घ्यावी लागणार आहे.
ठाकरे सरकार पडल्यानंतर राज्यामध्ये शिंदे- फडणवीस सरकार आले. शिंदे -फडणवीस सरकारने सत्तेत आल्यानंतर अनेक महत्वपूर्ण निर्णय घेतले. या सरकारने ठाकरे सरकारच्या काळामध्ये घेण्यात आलेल्या काही निर्णयांमध्ये बदल केला. त्याचप्रमाणे सीबीआयबाबत देखील शिंदे सरकार आपला निर्णय बदलती असे सर्वांना वाटत होते. पण शिंदे सरकारने ठाकरे सरकारने सीबीआयबाबत घेतलेला निर्णय कायम ठेवला आहे. त्यामुळे यापुढे सीबीआयला तपासापूर्वी शिंदे सरकारची परवानगी घ्यावी लागणार आहे.